科學小飛俠

世界各地的儲存設施遭到神秘巨型機械襲擊，竊取鈾元素。國際科學技術機構（簡稱ISO）的南宮博士懷疑這是企圖稱霸世界的邪惡組織「惡魔黨」所為。他召集了由五名少男少女—鐵雄、大明、珍珍、阿丁和阿龍，秘密組成特種部隊——「科學小飛俠」。小飛俠接到南宮博士的命令，駕駛大型戰鬥偵察機「鳳凰號」前往敵方基地搜索。

一架載人火箭搭載著從太空搜尋，並記錄地球上的隱藏資源紀錄的「地球資源錦盒」返回地球著陸點後立即消失。原來是「惡魔黨」所犯下的惡行。其目標是奪取地球上所有的鈾礦石，將其作為能源，稱霸世界。科學小飛俠奉南宮博士之命駕駛鳳凰號上搜尋海底，卻突然遭遇神祕漩渦攻擊。

鐵雄前往機場調查一起神秘的客機墜毀事件，遇到了遇難機長的兒子小誠和他的叔叔。小誠相信父親終有一天會回來，因此每天都在機場等待。鐵雄在墜機現場進行進一步調查時，遭到一個飛行的巨型木乃伊襲擊。南宮博士得知後，分析出這個巨型木乃伊是由能釋放強大能量的鈽X所構成。

惡魔黨利用鐵甲大蜈蚣執行在世界各地竊取地底資源的計畫。鐵雄獲得情報，得知在資源消失同時伴隨著地震發生，於是前往地震研究所。然而，就在他與研究所所長交談時，一場大地震突然發生，所長被地面裂縫吞噬。鐵雄在所長的墓前懊悔沒能及時拯救他。就在此時所長女兒直美突然攻擊鐵雄，她將鐵雄誤認為惡魔黨。

在被稱為「海底墓地」的沉船聚集地，一艘海洋開發船被惡魔黨操縱的幽靈戰艦擊沉。緊接著海上基地也遭到襲擊。科學小飛俠追擊逃竄的敵方潛艇，在「海底墓地」發現了一支龐大的幽靈艦隊。他們與隱藏在戰艦內部的大量戰鬥飛碟展開激戰，但由於敵機數量眾多，神鳥飛彈最終耗盡。此時突然出現三架紅色戰鬥機，並且將敵機一一擊破。

世界銀行金庫裡的金條被惡魔黨的小型機器人「小金剛」偷走了。鐵雄、珍珍和阿丁來到一座可能是敵方基地的無人島進行調查，卻被藏匿在那裡的惡魔黨士兵抓走。然而，這其實是科學小飛俠為了尋找基地而製定的計畫。只是惡魔黨為防範還有其他小飛俠登島，進而發現了潛伏在海底的鳳凰號。

鐵雄作為試飛員駕駛新型無污染飛機升空，卻遭到自稱皮爾的蒙面怪人駕駛的雙翼飛機擊落。科學小飛俠推測蒙面怪人的真實身分是惡魔黨的大頭目皮爾，並駕駛鳳凰號在後追擊。可是，神鳥飛彈對這架配備了強力鞭子的雙翼飛機無效。原來這架飛機是由一種名為「威斯卡」的超級金屬所製成。

為了對抗惡魔黨，南宮博士正加緊建造海底基地。然而，惡魔黨察覺到了這一點，試圖利用鐵甲獸找出基地位置，阻止基地的建造。於此同時，阿丁被鎮上的孩子們說成是科學小飛俠當中最不受歡迎的成員，他想以自己的能力讓自己變得受歡迎，於是瞞著鐵雄等人獨自行動。他嘗試獨自擊敗鐵甲獸，卻反而被敵人被抓走，甚至連基地位置也被惡魔黨發現。

惡魔黨把鐵甲大蠍子發射到月球表面，將無數的月球岩石拋向地球進行攻擊。經過分析證實撞擊地球各處的隕石均為月球岩石，科學小飛俠便駕駛鳳凰號飛往月球。然而，惡魔黨察覺到小飛俠的行蹤後，立即將鐵甲大蠍子召喚回地球。科學小飛俠雖然試圖阻止，但最終失敗。返回地球的鐵甲大蠍子將城市變成了一片火海。

某天晚上，一群螞蟻突然襲擊了一座核子研究所，導致全城大停電。科學小飛俠發射神鳥飛彈摧毀了堤防，用大水驅散螞蟻群後，發現它們是惡魔黨的機器螞蟻。南宮博士修復並釋放了其中一隻機器螞蟻，小飛俠打算跟著它找到機器螞蟻的基地位置。他們一路穿過荒野，最後發現了如巨塔般的蟻丘。

特里坦國的巨型戰鬥機「藍鷹號」正前往航空展參展。科學小飛俠奉命護衛，但是他們沒有察覺「藍鷹號」的機組人員已被惡魔黨取代。南宮博士發現異樣時，立即召集特種部隊空中大鯊魚出動。三架紅色戰鬥機對藍鷹號展開攻擊。然而，不知實情的鐵雄誤將「空中大鯊魚」當成敵人，駕駛白鳥一號發動反擊。

惡魔黨的鐵甲大胃王怪獸接連奪取砂糖原料，導致全球糖荒。雖然推測惡魔黨的目的是煽動民眾陷入焦慮和混亂，但是熱愛甜食的阿龍卻為此勃然大怒。南宮博士命令科學小飛俠出動，他們隨即發現了鐵甲大胃王怪獸的蹤跡。鐵雄、大明和阿龍三人入侵鐵甲大胃王怪獸內部。只是三人被惡魔黨發現，接連啟動陷阱，逐漸將鐵雄等人逼入絕境。

突然發生沙漠人工湖消失並移至別處的事件。科學小飛俠前往調查，他們從當地村落長老口中聽到一個古老傳說。那裡曾經因為燃燒紅沙而有過一段繁榮昌盛的文明時期。但是有一天，沙子突然自行移動，反過來毀滅了當地文明。當晚，長老被覬覦紅沙的惡魔黨綁架。長老特地將紅沙藏在他留給科學小飛俠的項鍊裡。

一艘海上核能動力客船遭到惡魔黨的鐵甲大冰怪攻擊後消失無蹤。其他以核能為動力的航空母艦和潛水艇也相繼失蹤。偵察機拍攝到海上有巨大冰山正在移動，科學小飛俠覺得大冰山相當可疑，於是他們朝著冰山的方向飛行到了北極。在那裡，他們發現了一個被冰雪覆蓋的惡魔黨基地，鐵雄和珍珍潛入其中，發現了失蹤的核能動力客船。

一支調查隊在因十年前的公害污染而廢棄的鬼城遭到攻擊，無人生還。為了調查這座充滿毒氣的城市，科學小飛俠在鳳凰號的裝甲機身塗上了防毒塗層，展開此次調查。他們發現這座城市變成了惡魔黨的基地，並在聯合國的攻擊下將其摧毀。然而，惡魔黨早在被污染的海底，培育一種擁有可怕力量的神秘生物「水母鏡獸」。

惡魔黨佔領了ISO的無人工廠，並製造出鋼鐵巨獸。鋼鐵巨獸擊退科學小飛俠，擺脫追蹤後不知去向。為了打敗神鳥飛彈也不管用的鋼鐵巨獸，科學小飛俠必須找到敵人基地藍圖的微縮膠卷。另一方面，阿丁猜測惡魔黨的基地隱藏在隧道中，便獨自展開調查。

阿丁和三個孩子在城裡發現了一隻獨角仙，並把它帶回家。然而當晚，獨角仙突然變大，變成了鐵甲獨角仙。它將熟睡的阿丁等人納入機體之內，並且開始在城裡大肆破壞。事實上鐵甲獨角仙是無名主宰下令製造的鐵甲獸，他看中了人類兒童的暴力本能，製造出利用孩子的腦電波進行破壞的鐵甲獸。由於孩子們被劫持為人質，科學小飛俠無法輕舉妄動。

科學小飛俠接獲巨鯨摧毀煉油廠的情報後，前往該片海域進行調查。惡魔黨的巨鯨潛艦發現了科學小飛俠後，驅散一群真正的鯨魚並趁隙逃走了。鐵雄等人別無選擇，只能幫助阿丁，從虎鯨群中救出倖存的幼鯨。與此同時，各地發生了襲擊事件，科學小飛俠遭到南宮博士的嚴厲斥責。博士從裝有發射器的幼鯨動向，懷疑冰河地區有敵方基地，並下令小飛俠再次出動。

以賽車和賭博聞名的盧曼王國與惡魔黨聯手，並成為其資金供應來源。為此擔心不已的盧卡殿下，試圖利用賽車比賽與科學小飛俠取得聯繫，並提供關於惡魔黨的情報。可是盧卡的計畫被發現，內含情報的微縮膠卷落入敵人手中。小飛俠和盧卡設法追蹤到敵人，並打算奪回膠卷，卻反被皮爾引誘至基地。

鐵甲鼴鼠坦克在城市中肆虐，大明試圖拯救一隻小狗。然而，他被爆炸飛出的一塊鐵片直接擊中頭部陷入昏迷。更糟的是，這塊鐵片位於大腦的危險部位，無法透過手術取出。唯一的救命之計是利用離心分離機除去鐵片，但最後卻失敗了。於此同時，鋼甲鼴鼠坦克再次襲擊城市，其他小飛俠雖然擔心大明的安危，仍出動執行任務。

贏得名馬大獎賽的馬是南宮博士的前輩韓金曼博士所製造的人造馬。惡魔黨綁架韓金曼博士並試圖讓他為組織做研究。當韓金曼博士見到惡魔黨的神秘統治者無名主宰時，便聲稱他已經看穿無名主宰的真實身份，而是要求讓他擔任副手。另一方面，追蹤韓金曼博士行蹤的科學小飛俠遇見一群人造馬正在破壞水壩。

世界最大的海底鈾礦遭到鐵甲大火龍的攻擊，並被惡魔黨佔領。即使ISO出動三艘強大的飛行航空母艦「猛獁虎」也無法與之匹敵。因此南宮博士拒絕讓科學小飛俠的出動。鐵雄卻違抗博士的命令，做好必死的覺悟與同伴們一同出動。然而，鐵甲大火龍噴出的熱量遠超火鳥功，鳳凰號不敵被擊毀了。

威力無比的鐵甲怪球肆虐，摧毀了一座又一座城鎮。南宮博士無法找到其弱點，禁止科學小飛俠出動，鐵雄也表示同意。可是其他成員卻不服氣，無視博士的命令，擅自出動。鐵雄加入後，以隊長身份下令鳳凰號回航。鐵雄對自己無力對抗敵人感到苦惱，後來卻因為一件小事終於想出了攻略辦法。

在ISO總部工作的科學家接連遇害。鐵雄在暗處保護科學家，卻遭遇了惡魔黨的特種部隊黑鳥小隊。鐵雄等人雖被包圍，但最後設法擊退了敵人。當晚由珍珍和阿丁負責隨車保護科學家，他們遭到一個全身散發出霓虹光芒的巨人的襲擊。兩人設法帶著科學家逃出，卻被巨人的攻擊拋入山谷中。

ISO的火山研究所被鐵甲熔岩巨人摧毀。科學小飛俠前往調查，在被摧毀的研究所附近發現了巨人的足跡。足跡一直延續到火山口，但鳳凰號無法承受熔岩的高溫，被迫放棄追擊。這時熔岩巨人從熔岩中鑽出發動攻擊。大明看到這一幕，發現巨人的長相神似自然公園岩壁上的雕刻。

在一次任務中，阿龍打瞌睡，導致鳳凰號無法順利合體，使得ISO的太空船被鐵甲獸摧毀。阿龍為了負起責任，辭去了科學小飛俠的工作，歸還手環，回到了家鄉的漁村。然而，村裡發生了魚類被神秘毒素污染的事件。小飛俠和南宮博士來到村子進行調查，阿龍卻決定獨自解決事件，他無視鐵雄的警告，潛入海底。

一位自稱背叛惡魔黨的女子向 ISO 提出了一項以提供惡魔黨總部情報，換取金錢的交易。為了確認此事真偽，大明和這名叫做露西的女人一起參加一場橫跨非洲的耐力賽。惡魔黨的鐵甲動物接連發動攻擊，大明駕駛著拉力賽車與露西在嚴酷的自然環境中馳騁，而露西展現出近乎執著的求勝決心。

惡魔黨使用一輛隱形坦克，在眾目睽睽之下，接連綁架兒童。皮爾利用他收集到的兒童大腦電波，創造出一個沒有固定外型的怪物阿爾法吉拉，並藉由此怪物潛入 ISO 大樓奪取「地函計劃」的機密文件。在此之後，隱形坦克開始攻擊「地函計畫」中的重要設施，科學小飛俠卻無力對付這個隱形的敵人。

阿丁和阿龍來到阿丁與珍珍一起長大的白雪孤兒院。他們帶著一些想看搏擊比賽的孩子們來到會場，神秘的蒙面拳手加拉庫X最後贏得了比賽。然而，當孩子們偷偷溜進休息室時，發現加拉庫X作弊犯規，於是孩子們被抓上車帶走。在後面追趕的阿丁追到了孤兒院後面的一棟建築，原來那裡是加拉庫X的基地。

隱形的鐵甲獸螳螂在世界各地肆虐，將一個又一個重要設施化為火海。科學小飛俠者隊遇到裹著白霧的敵人，鳳凰號面對來歷不明的攻擊束手無策只能撤退。信心滿滿的皮爾宣布下一波行動，而南宮博士藉由敵人的影像，分析對手的真面目和弱點。他想出了利用ISO的人工降雨計劃來擊敗鐵甲獸的攻略方法。

大明開車載著南宮博士，遭到了惡魔黨女性部隊「惡靈之星」的襲擊。鐵雄等人打算今後加強對博士的人身保護，但大明認為應該主動出擊，結果引發了意見衝突。大明獨自駕車在賽道上解壓時，救下了一名不慎撞車，被甩出賽道的女子。與此同時，海底牧場爆發紅潮，南宮博士和鐵雄決定乘坐橫貫大陸的火車前往調查。

朗帕克市收到皮爾的攻擊預告，鐵甲烏賊襲擊了一艘正在巡邏警戒的巡洋艦。科學小飛俠趕到現場後，卻追丟了鐵甲烏賊，完全不知敵人的去向。為了避免暴露真實身份，小飛俠摘下手環，混入市民之中，試圖偵查敵人的動向。在城市內進行偵查時，珍珍和阿丁救下了一名遭到暴徒襲擊的女子，女子邀請他們到自己的家裡以表謝意，然而…

鐵甲烏賊開始攻擊朗帕克市，南宮博士命令缺少珍珍和阿丁的科學小飛俠待命。可是，皮爾卻將槍口對準市民，試圖讓藏匿在城裡的小飛俠現身，鐵雄等人奮力將其擊退。此舉卻讓皮爾更加懷疑他抓到的珍珍和阿丁是科學小飛俠的成員。於是鐵雄想出了一個欺騙皮爾的計畫。

天空突然出現極光，發出令人神智錯亂的射線，導致各地發生重大事故。原來是鐵甲雷霆龍所發動的攻擊。它能將人類的腦波變成動物的腦波，阿龍被擊中後變成了貓咪的腦波。此外，惡魔黨也利用這種射線襲擊了南宮博士。被變成猴子腦波的博士，竟然企圖啟動新月珊瑚礁基地的自爆開關。

沙漠小國多利亞王國正深陷內戰當中，一方是試圖壟斷石油利益的國王，另一方則是反對國王，並且得到民眾支持的阿里王子。為了化解危機，王子向科學小飛俠尋求幫助。小飛俠潛入多利亞王國，與王子領導的反政府遊擊隊發接觸。然而，鐵雄想到自身與父親分離的經歷，於是勸王子應該透過對話來解決與國王父親之間的對立。

男孩和他的父親在夜間出海捕魚時，看見鐵甲怪獸襲擊科學調查船。科學小飛俠救了這對在海上漂流的父子，但父子倆卻隱瞞了目擊攻擊事件的始末，拒絕談論此事。小飛俠根據他們的行為懷疑燈塔有可疑之處，於是前往搜索。路上發現一對遭到人造山貓襲擊的兄弟。小飛俠解救這對兄弟，並打算從他們那裡獲取有用情報，但兄弟倆以提供前往燈塔捷徑，作為加入科學小飛俠的交換條件。

世界知名的太陽能研究者三輪博士被惡魔黨綁架。就在他被抓走前，他放走了愛犬太郎，讓牠去向南部博士報信。科學小飛俠前往三輪博士失蹤的雪山湖泊，在太郎的帶領下潛入敵方基地。可是，皮爾發現有異並抓住了小飛俠。另一方面，運用三輪博士技術的電子怪獸雷吉拉即將完成。

南部博士受邀參加一座建於沙漠之中，融合各種尖端科技的無污染城市的落成儀式，科學小飛俠也一同隨行。他們觀看了一場由考古學家穆卡西斯基博士製作的恐龍模型遊行。可是到了晚上，有人故意到處破壞這座城市。鐵雄從受害者口中得知，罪魁禍首是恐龍，於是他闖入恐龍博覽會的會場，卻遭到機械植物的襲擊，掉進了下水道，他的手環也因此遺失了。

惡魔黨在世界各地散播的白色孢子，長成了一株巨大而且會動的植物。它開始在雨天襲擊女性，甚至襲擊了獨自在店裡的珍珍。珍珍擊退它後，南宮博士根據珍珍的證詞推斷，這株植物是古代食肉植物地獄食人花。珍珍穿上博士研發的能夠承受任何壓力的深海膠囊裝，打算捕捉地獄食人花，卻不小心反被吞噬。

為了阻止地獄食人花的增殖，科學小飛俠明知珍珍已被吞噬，依舊將整群地獄食人花燒毀。對珍珍見死不救，導致成員之間向心力瓦解。鐵雄厭倦了小飛俠的任務，沒有回應南宮博士的召喚。就在此時，空中大鯊魚的隊長出現了，他揮出拳頭想要教導鐵雄身為領導者應有的擔當。

皮爾綁架了深受年輕人喜愛的搖滾樂團「惡魔5」，強迫他們演奏飛行機械音速鐵甲錄製的歌曲，並用這首恐怖的音樂摧毀了城市。另一方面，惡魔5的粉絲珍珍注意到樂團的演奏夾帶著奇怪的聲音。原來這是「惡魔5」發出的求救訊號，同時還隱密的洩漏了惡魔黨基地的位置

休假期間，阿龍隨手攔車搭上了一輛囚犯運輸車，這輛車將開往只關殺人犯的監獄。更糟的是，車上的人其實都是惡魔黨，他們正計劃佔領監獄，並招募囚犯加入惡魔黨。被捲入其中的阿龍決定假裝加入，以找到惡魔黨的總部。另一方面，得知此事的科學小飛俠也藉此機會展開尋找敵方總部的計畫。

比恩國和亞梅里亞國之間長久不斷的紛爭終於結束。羅米納和茱莉亞這對曾經被迫分開的戀人，作為各自國家的和平象徵結為連理，並且即將出發去度蜜月。然而，想利用戰亂掠奪兩國地下資源的惡魔黨，卻計劃利用他們挑起新的紛爭。察覺到惡魔黨陰謀的科學小飛俠出面保護這對新婚夫婦，但兩人卻被潛入客機的敵人綁架。

屢次挑戰屢次失敗的皮爾，遭到無名主宰斥責。為了雪恥，他集結惡魔黨全部科學力量，打造出最強的鐵甲大怪鳩。皮爾發出預告打算引誘科學小飛俠出動。然而，南宮博士經過分析認定鳳凰號無法戰勝，因此禁止小飛俠出動。鐵雄等人無法接受，於是無視博士的命令擅自出動，卻被鐵甲大怪鳩強大的衝擊波擊敗。

ISO在北方霧氣瀰漫的一座孤島上，秘密運作的採礦基地被惡魔黨發現。惡魔黨得知此地開採的是名為烈焰九號的高能量礦石後，便開始攻擊島嶼進行掠奪。科學小飛俠前往島上營救工人，在敵人的猛烈攻擊下，他們想出了利用島上棲息的海獅群來逃脫的計畫。

一名背叛惡魔黨的男子，帶著一個裝有組織重要機密的行李箱逃走了。男子抵達機場後，用槍指著鐵雄，逼迫他駕駛飛機。鐵雄駕駛飛機時，趁機反擊，但槍聲損壞了飛機。就在男子跳傘逃走前，鐵雄聽到他打算將機密出售給ISO，於是在飛機緊急降落後展開追擊。可是，惡魔黨派出的追兵正逐漸逼近男子。

ISO研發出一台超級電腦，它的整合與分析能力高出一般電腦數萬倍。惡魔黨懼怕其強大威力，計劃襲擊帶著核心裝置前往研究所進行實驗的安達。科學小飛俠駕駛「鳳凰號」護送安達長官的專機，但偽裝成空服員的皮爾早潛入機上並劫持了飛機。

ISO的能源工廠接連被相機鐵甲獸快門殺手摧毀。科學小飛俠勇於挑戰擁有空中拍攝機密以及摧毀設施等恐怖能力的敵人。然而，在奪回設施資訊之前，小飛俠無法發動攻擊，鳳凰號卻在敵人猛烈的攻擊下受損，緊急迫降。阿丁尾隨相機鐵甲獸離開之後，發現一座利用竊取來的ISO設施資訊，建造而成的能源工廠。

科學小飛俠以南宮博士的護衛身份，來到ISO總部。阿丁在停車場發現了一輛惡魔黨的汽車，他藏身於後車箱中，順利潛入惡魔黨的基地後，卻被發現並遭到控制。另一方面，皮爾聲稱他在ISO總部放置了炸彈，威脅交出鈾礦石的資料。科學小飛俠帶著資料前往約定地點，但鐵甲毒蛾正等在那裡，準備消滅他們。

在印迪利亞大陸的水壩預定工地上，出現了一隻會動的恐龍化石妨礙工程建設。科學小飛俠前往調查。小飛俠隱瞞身份住進旅館，卻遇到一名持槍歹徒闖入。待在旅館留守的阿龍和阿丁擊退了歹徒，但歹徒卻不知被何人被殺死。旅館的一名員工看到了，誤認阿龍和阿丁是兇手，導致兩人遭到追捕。兩人逃著逃著來到了一座據說是白骨恐龍出沒的寺廟。

科學小飛俠利用南宮博士突然給予的假期，來到據說是世界上最和平的洪托拉魯共和國。鐵雄幫助一個遭到一群男人圍攻白色西裝男逃脫。原來那群男人是當地的秘密警察，據說逃走的西裝男子是惡魔黨。當鐵雄在進行偵察時，遭到惡魔黨的戰鬥機攻擊。然而他昨天解救的西裝男子，正是空中大鯊魚的隊長。

久違的兒時玩伴薩布告訴鐵雄，曾在洪托瓦魯國見到鐵雄的父親，鐵雄急忙與鐵雄薩布一起前往洪托瓦魯。另一方面，惡魔黨展開利用爆炸迫使環繞地球的范艾倫輻射帶下降的「V2計畫」。科學小飛俠在鐵雄缺席，無法發射神鳥飛彈的情況下出動，卻遭到旋轉怪獸輪胎怪攻擊。

惡魔黨的「V2計畫」導致地球發生前所未有的災害。皮爾勸告各國只要投降，他就讓范艾倫輻射帶回復原狀。另一方面，鐵雄和空中大鯊魚的隊長潛入惡魔黨的秘密工廠，將皮爾逼入絕境，可惜最後仍被皮爾逃脫。在地球瀕臨毀滅之際，科學小飛俠即時趕來，並告訴鐵雄他的父親就是空中大鯊魚的隊長。

世界各地的鈾研究設施接連遭到攻擊，ISO 召開會議討論應對措施。鐵雄察覺到其中一名代表已被惡魔黨取代，於是他闖入會議室，抓住這名逃跑的間諜。自從父親被惡魔黨殺害後，鐵雄對惡魔黨產生強烈仇恨。他拷問了這名間諜，逼迫他供出總部所在地。然而，其他成員對鐵雄的行為感到困惑不已。

惡魔黨向海洋中釋放了一種新研發的污染物質。皮爾威脅南宮博士和科學小飛俠如果在24小時內不投降，他們將進一步擴散污染物質。假裝遵從皮爾要求的科學小飛俠前往指定海域，並且攻擊出現在該海域的潛水艇。然而，這實際上是皮爾設下的陷阱，目的是要讓科學小飛俠，親手將裝載在無人潛艇上的污染物質釋放到了海裡。

珍珍獨自騎著機車穿越荒蕪的郊區，遇到惡魔黨的黑鳥小隊的機車隊。黑鳥機車隊的隊長正是珍珍的青梅竹馬矢羽光司。光司離開後與同夥一起襲擊一個空軍基地，但珍珍的身影卻閃現在他的腦海中，迫使他放棄了任務。同時，科學小飛俠想要調查光司，珍珍拒絕後就跑了出去。

年邁的狙擊手麥克米勒在極北的監獄服刑35年後獲釋。惡魔黨十分看好他的槍法，僱用他去殺害科學小飛俠。另一方面，通過南極上空的衛星站接連遭到破壞，科學小飛俠推斷南極可能有惡魔黨基地，或是有人設下陷阱。小飛俠們出發調查時，發現米勒和惡魔黨指揮官正坐在一輛特製坦克內嚴陣以待。

鐵甲佛像襲擊了ISO研究所，並竊取了一台正在研發中的噴射切割機。這台切割機可以利用高熱切割任何物體。科學小飛俠調查鐵甲佛像失蹤地點時，在一個山洞裡遭到無數鐵甲佛像的攻擊。鐵雄因父親的死而心生怨恨，獨自一人進入基地，卻被電流擊中失去意識。此時，配備噴射切割機的鐵甲佛像出發前往ISO的鈾礦開採工廠。

一位漁民在漁獲豐富的漁場妖怪島附近海域目睹了巨型烏賊和魟魚飛上天空。鐵雄和珍珍留下對此事感到荒誕的大明等人，兩人出發前往當地調查。在那裡出現的妖怪烏賊原來是曾被科學小飛俠摧毀的鐵甲獸。鐵雄偽裝成士兵潛入島上的秘密基地，發現了惡魔黨的鐵甲獸研發工廠。

鐵甲獸進行測試當中，惡魔黨的觀測機墜毀。鐵雄在調查墜毀現場時，發現一名青年昏迷不醒。鐵雄將人救回，但是他卻失去記憶。後來惡魔黨開始摧毀城市。科學小飛俠面對敵人強大的攻擊無能為力，最終慘敗收場。南宮博士為了找出攻擊的真相，嘗試恢復這名青年的記憶。

鐵雄獨自駕駛飛機飛越洪托瓦魯共和國時，遇到一架空中大鯊魚的戰鬥機。駕駛飛機的居然是鐵雄已經死亡的父親，空中大鯊魚指揮官。鐵雄被他引導到一個秘密基地，並要求鐵雄將他秘密收集的惡魔黨情報轉交給南宮博士。另一方面，搜尋鐵雄的其他隊員遭到鐵甲獸地獄黃蜂的攻擊，由於鐵雄不在，無法發射神鳥飛彈抵抗，最後被俘虜。

南宮博士製造了與科學小飛俠外型一模一樣的替身機器人。他計劃舉辦盛大的儀式來表彰科學小飛俠的成就，並讓惡魔黨綁架替身機器人，以便找出惡魔黨秘密基地的位置。鐵雄不願服從計畫，於是悄悄地與自己的替身機器人交換位置，親自在典禮上表演。可是，鐵甲巨獸冰風怪突然出現，用冰凍射線將鐵雄凍住，導致鐵雄與替身機器人一起被擄走。

一場夜間棒球賽進行時，突然瞬間停電，場上所有人也在同時消失。即便是有科學小飛俠監控的棒球比賽，也發生同樣的情況。甚至連冒充球童的阿丁也突然消失了。於是科學小飛俠對夜深人靜的棒球場展開調查，但是球場突然裂開，鐵雄和珍珍一起掉進地洞裡。

弗蘭貝爾國在推翻獨裁者索姆列將軍後實現了和平。然而，這位將軍卻與惡魔黨聯手後捲土重來，威脅民眾如果不投降，就會展開大屠殺。科學小飛俠答應救援請求，趁著和平紀念慶典時潛入熱鬧非凡的市區展開調查。就在此時，阿丁遇到了由五名貧民窟不良少年組成的「斯姆斯幫」。警察沒收了他們分發給孩子們的禮物，阿丁很同情他們的遭遇。

世界各地儲存的傑出科學家的大腦接連被盜，保存機器人權威山科博士的大腦的研究室，也遭到一隻巨型怪獸的襲擊。科學小飛俠追捕犯人時，遇到一隻由惡魔黨控制的怪獸。南宮博士分析了怪獸的細胞，發現細胞來自於一種名為「貝姆」的低階外星人。南宮博士推測惡魔黨的目標是即將在科學展上展出的機器人X-1，於是派科學小飛俠前往會場。

蒙納林斯王國的芙蕾克王妃提供大量資金贊助ISO，她同時也是科學小飛俠的粉絲。在惡魔黨試圖暗殺她時，王妃請求科學小飛俠的保護。科學小飛俠推測惡魔黨會在建國紀念日當天，出現在皇宮舉行的時裝秀上，於是潛入城市並開始秘密調查。與此同時，鐵雄和珍珍發現一個可疑團體在半夜潛入皇宮，但他們卻利用一枚威力強大的戒指炸彈逃脫了。

ISO 地函計畫中的重要設施，接連被鐵甲水母摧毀。科學小飛俠出動對抗，但他們的作戰方式遭到敵人研究破解，最後導致鳳凰號被摧毀。面對惡魔黨日益強大的武器，鐵雄等人深感無力。為此南宮博士不僅讓鳳凰號浴火重生，同時為每架個人座機配備了武器。

南方島嶼上的一座小城突然遭到神秘核彈襲擊。高濃度的輻射籠罩住島嶼，任何人都無法進入。科學小飛俠使用科學祕技火鳥功成功潛入島內。島上空無一人，但不知為何，建築物卻完好無損。可是就在此時，建築物的牆壁突然倒塌，脫落的粒子凝聚在一起，變成了巨大的鐵甲獸。

根據情報指出惡魔黨入侵沙漠中的休斯肯王國，王國派出士兵進行調查卻全部陣亡。科學小飛俠也展開調查，就在此時，阿丁被城裡的一個賣玉米的大嬸誤認為是她死去的兒子。渴望母親溫暖的阿丁並不介意，兩人決定在城裡以母子的身份共同生活。當天晚上，阿丁覺得郊外的一座古墓很可疑，於是獨自一人偷偷溜出了玉米大嬸的家......。

體內水分被吸乾，受害者皆變成木乃伊的殺人事件接連發生。大明在巡邏時，從一群神秘的人體模型機器人手中救出一名女孩。然而，為了救人而忽略聯絡的大明與鐵雄發生了爭執。大明離開基地後，前往女孩住院的醫院探視，卻看見醫院護士遭到神秘發光物體襲擊後變成木乃伊。隨後，那名女孩逃出病房，大明只好緊跟在後。